Caldwell là một trong những người biện hộ đáng tin cậy nhất của chế độ Pol Pot. Ông thường cố gắng hạ thấp các báo cáo về các vụ hành quyết hàng loạt của Khmer Đỏ ở Campuchia và bị nhiều nhà chức trách chỉ trích vì làm như vậy.[6]

Tháng 12 năm 1978, Caldwell là thành viên, cùng với Elizabeth Becker và Richard Dudman, thuộc một nhóm các nhà báo và nhà văn phương Tây duy nhất được mời đến thăm Campuchia kể từ khi Khmer Đỏ lên nắm quyền vào tháng 4 năm 1975. Ba du khách đã được tham gia một chuyến đi thăm đất nước được dàn xếp cao nhất. "Chúng tôi đi du lịch trong cơn ảo tưởng," Becker viết. "Không ai được phép nói chuyện với tôi một cách tự do." Vào ngày 22 tháng 12, Caldwell có một buổi tiếp kiếp riêng với Pol Pot, lãnh đạo của Campuchia. Sau cuộc gặp gỡ, ông trở lại nhà khách ở Phnom Penh nơi ba người đang ở trong một tâm trạng được mô tả là "hưng phấn". Khoảng 11 giờ tối đêm đó Becker bị đánh thức bởi tiếng súng. Cô bước ra khỏi phòng ngủ và thấy một người đàn ông Campuchia có vũ trang tận răng đã chĩa súng lục vào cô. Cô chạy lại vào phòng và nghe thấy tiếng người di chuyển và nhiều tiếng súng. Một giờ sau, một người Campuchia đến gõ cửa phòng ngủ của cô và nói với cô rằng Caldwell đã chết. Cô và Dudman đi đến phòng ông. Caldwell đã bị bắn vào ngực và thi thể của một người đàn ông Campuchia cũng ở trong phòng, có thể là cùng một người đã chĩa súng lục vào Becker.[7]

Động cơ vụ sát hại Caldwell vẫn chưa được giải thích.[8] Andrew Anthony, viết trên tờ The Guardian, lưu ý: "Chắc chắn phải có một số vụ việc liên quan nội bộ, vì các vị khách được bảo vệ. Nhưng ai đã chỉ thị cho các vệ sĩ, và tại sao họ làm như vậy, vẫn là một chủ đề của sự suy đoán." Nhà báo Wilfred Burchett và một số thành viên gia đình của Caldwell tin rằng Caldwell đã bị giết theo lệnh của Pol Pot, có thể sau khi xảy ra bất đồng giữa hai người trong cuộc gặp gỡ của họ. Ngoài ra, bốn lính canh tại nhà khách đã bị bắt và hai người trong số họ "thú nhận" sau khi bị tra tấn tại nhà tù S-21 của Khmer Đỏ rằng những kẻ giết người là những kẻ lật đổ đang cố gắng phá hoại chế độ Khmer Đỏ và Caldwell đã bị giết "nhằm ngăn cản Đảng tập hợp bạn bè trên thế giới". Ba ngày sau khi Caldwell bị giết, Chiến tranh biên giới Tây Nam xảy ra và sớm chấm dứt chính quyền Khmer Đỏ. Theo Becker: "Cái chết của Malcolm Caldwell là do sự điên rồ của chế độ mà anh ta công khai ngưỡng mộ."[2]